Следующим клубом, за который выступал Хююпя, стал «МюПа». Именно в составе этой команды он стал постоянно играть на позиции центрального защитника. А в 1992 и 1995 году, благодаря его профессионализму и блестящему таланту, команда «МюПа» становится чемпионом Финляндии.

В 1995 году Сами Хююпя прошел курс стажировки в британском клубе «Ньюкасл». Сами не только развеялся в заграничной поездке, но и воочию увидел настоящий профессиональный футбол. Он узнал, что такое профессионализм европейского стандарта. С этого момента футболист начал стремиться за границу, так как там он в полной мере смог бы раскрыть свой талант.

В 1999 году Хююпя подписывает контракт с клубом «Ливерпуль». Именно в этой команде он получит настоящую известность и добьется высочайших результатов.

В течение 10 лет Сами Хююпя отдает всю свою жизнь и силы «Ливерпулю». Из рядового игрока он стал капитаном команды, её лидером и движущей силой.

Сами Хююпя стал основным футболистом Лиги чемпионов. Его игре могут позавидовать самые профессиональные европейские игроки.

За карьеру в профессиональном спорте Хююпя сумел получить несколько высоких титулов и призов. Вместе с «Ливерпулем» он выиграл Лигу Чемпионов и Сyпepкубок УЕФА. Также среди трофеев футболиста есть Кубок УЕФА, Кубок Англии, Кубок Лиги и Сyпepкубок Англии.

В 2009 году Сами стал членом команды «Байер». Футболист отличился профессиональной игрой головой и отличными результатами на позиции защитника. В 2002, 2005 и 2006 годах был назван лучшим футболистом Финляндии.
Проведя десять полных сезонов в составе «Ливерпуля», 4 мая 2009 года Сами прошёл медосмотр в леверкузенском «Байере» и подписал с этой командой контракт сроком на два года. На следующий день Рафаэль Бенитес сообщил, что предлагал Хююпя продлить соглашение с «красными» с возможностью позднее перейти на тренерскую должность, но защитник выбрал предложение «Байера». Тем не менее, предложение Хююпя войти в тренерский штаб «Ливерпуля» после завершения карьеры остаётся в силе.

Выступая в составе Ливерпуля смог достичь:
Кубок лиги: 2001, 2003
Кубок Англии: 2001, 2006
Кубок УЕФА: 2001
Суперкубок Англии: 2001, 2006
Суперкубок УЕФА: 2001, 2005
Лига чемпионов УЕФА: 2005